Debemos destacar que Zagra como región es muy antigua, pues ha estado habitada desde la prehistoria y a lo largo de su historia ha sido testigo del paso de los romanos, los visigodos y los árabes; entre otros pueblos que pasaron por estas tierras. Y es que, así lo ponen de manifiesto numerosos objetos que se han encontrado y que dan testimonio de ello.
Puntas de flechas de sílex, hachas del neolítico, raederas, cerámicas y monedas, reflejan las diferentes edades y épocas que ha vivido esta región a lo largo del tiempo. De igual forma, tumbas horadadas en piedra nos trasladan a un pasado antiquísimo y su influencia y origen árabe queda demostrada con las ruinas de su castillo.
El castillo de Zagra en otrora defendió a los Reyes Granadinos; los cuales tras la conquista repartieron las tierras entre los repobladores castellanos que se fueron asentando en el pueblo al pie de la colina. Durante muchos siglos, antes y después de la conquista cristiana por los reyes católicos, dependió directamente del ayuntamiento de Loja y fue hasta el año 1982 cuando finalmente consigue su independencia municipal.
Aunque, para el año 1982 por Real Decreto se segrega su independencia. En Marzo de 1986, se dicta una nueva sentencia del Tribunal Supremo que anula la segregación por defectos formales en el expediente. Esto, inmediatamente provocó una serie de manifestaciones que fueron desde cerrar los pasos por carretera, hasta la ocupación del ayuntamiento por parte de los zagreños, los cuales demandaban con urgencia acelerar un nuevo expediente que les otorgará finalmente su independencia como municipio.
En el año 1987, finalmente se publica el decreto definitivo donde se establece la emancipación de la región. Sin embargo, se dio a lugar un nuevo término municipal donde se excluían los núcleos de las Rozuelas y los Ventorros de San José. Desde ese momento hasta nuestros días Zagra ha sido un municipio autónomo que ha ido creciendo y mejorando en todos los aspectos.